Beberapa penyakit yang dapat menimbulkan kerugian cukup besar pada tanaman tembakau adalah penyakit lanas, penyakit rebah kecambah, penyakit kerupuk dan penyakit layu bakteri. Secara ringkas diskripsi penyakit-penyakit tersebut adalah sebagai berikut.
Penyakit Rebah Kecambah. Penyakit ini disebabkan oleh cendawan Phytium spp, Sclerotium sp dan Rhizoctonia sp. Penyakit ini pada umumnya menyerang di pembibitan, dengan gejala serangan pangkal bibit berlekuk seperti terjepit, busuk, berwarna coklat dan akhirnya bibit roboh. Penyakit biasanya menyerang didaerah dengan suhu 240C, kelembaban di atas 85 % drainase buruk curah hujan tinggi dan pH tanah 5,2 – 8,5. Penyakit ini dapat diatasi dengan pengaturan jarak tanam pembibitan, disinfeksi tanah sebelum penaburan benih atau penyemprotan pembibitan serta pencelupan bibit sebelum tanam dengan fungisida netalaksil 3 g/liter air Mankozep (2 – 3 g/liter air), Benomil 2 – 3 g/liter air dan Propanokrab Hidroklorida 1 – 2 ml/l air.